HTWK-Studierende holen den ersten und zweiten Platz bei der ersten internationalen Biochemical Knowledge Extraction Challenge (BiKE). Die automatische Wissensextraktion aus Publikationen der Biochemie macht wichtige Erkenntnisse zugänglich.
Bei der ersten internationalen Biochemical Knowledge Extraction Challenge (BiKE), deren Gastgeberin die diesjährige Extended Semantic Web Conference in Hersonissos (Griechenland) war, präsentierten Forscherinnen und Forscher Fortschritte in der automatischen Wissensextraktion aus biochemischen Forschungsartikeln. Die meisten biochemischen Daten werden derzeit noch per Hand aus wissenschaftlichen Artikeln extrahiert. Angesichts der Geschwindigkeit, in der Neues publiziert wird, ist es jedoch nahezu unmöglich, Schritt zu halten. Um diesem Problem zu begegnen, sollte die BiKE-Challenge die wissenschaftliche Gemeinschaft des Semantic Web dazu ermutigen, automatische Mechanismen zur Extraktion von biochemischem Wissen zu entwickeln und so die verfügbaren Informationen über natürliche Produkte, die z.B. Basis von Arzneimitteln oder Kosmetika sein können, zu erweitern.
Die Veranstaltung ist Teil des Forschungsprojektes DINOBBIO und der Forschungsgruppe AKSW (Agile Knowledge Engineering and Semantic Web) der HTWK unter Leitung von Professor Thomas Riechert, in dessen Rahmen teils jahrhundertealtes Wissen über brasilianische Pflanzen, Pilze und Bakterien, d. h. über die Artenvielfalt im Amazonasgebiet digitalisiert wird, um es u.a. bei der Herstellung von Lebensmitteln und Pharmaprodukte anwenden zu können.
Konkretes Ziel des Wettbewerbs war es, neue und bestehende Methoden anzuwenden, um biochemische Informationen aus wissenschaftlichen Artikeln zu extrahieren und mithilfe einer vorgegebenen Ontologie einen Biochemical Knowledge Graph zu erstellen, der Informationen zu Verbindungsnamen, Bioaktivität, Sammelort, Isolationstyp und Spezies enthielt.
Sowohl der erste, als auch der zweite Platz gingen an Studierende der HTWK Leipzig. „Wir sind dankbar für die Anerkennung, die uns beim ESWC Workshop zuteil geworden ist", sagen Matthias Jooß, Jonas Gwozdz und Pit Fröhlich. „Den 1. Platz zu belegen, bestärkt uns in unserem Bestreben, weiterhin in diesem Bereich zu forschen. Ein besonderer Dank geht dabei an Paulo do Carmo, Edgard Marx und Professor Thomas Riechert für ihre Unterstützung." Dankbar zeigten sich auch die Zweitplatzierten Stefan Schmidt-Dichte und István J. Mócsy: „Wir haben durch die Offline-Teilnahme am Workshop der ESWC eine Bühne erhalten, um unsere Forschungsergebnisse zu präsentieren, (...). Darüber hinaus hatten wir die Gelegenheit, interessanten Talks aus Forschung und Industrie beizuwohnen und neue Kontakte zu knüpfen."
Die Ergebnisse der BiKE-Challenge auf der ESWC 2023 belegen die Beschleunigung, mit der die Entwicklung der automatischen Wissensextraktion aus biochemischen Forschungsergebnissen vorankommt. Die darauf aufbauenden Wissenspools leisten einen wichtigen Beitrag zur Entwicklung umweltfreundlicher Produkte und stärken so wiederum das Bewusstsein für dem Wert der Biodiversität.
Text: Dominique Fischer